Le 25 décembre 2011, un attentat à la voiture piégée revendiqué par le groupe islamiste Boko Haram devant l'église catholique Sainte-Thérèse de Madalla, près d’Abuja, la capitale fédérale du pays, fait 44 morts.Depuis mi-2009, Boko Haram s’attaque aux représentants de l'Etat, à la police et aux chrétiens.

Les présidents soudanais Omar el-Béchir et sud-soudanais Salva Kiir ont suscité des applaudissements lors de leurs poignées de mains à l'ouverture du sommet.Khartoum et Juba, après deux décennies de guerre civile, se sont engagés à résoudre leurs conflits qui persistent un an après l'indépendance du Sud, le 9 juillet 2011.Les combats entraînent la fuite de milliers d’habitants.

Des membres d'Ansar Dine détruisent des mausolées musulmans, jugés hérétiques, à Tombouctou.Le coup d'Etat du 22 mars 2012 contre le président Touré a précipité la chute du Nord au profit d’islamistes liés à al-Qaïda au Maghreb islamique.Ils ont évincé la rébellion touareg et veulent imposer la charia au Mali.

Un rebelle du Mouvement du 23 mars (M23) à Bunagana, le 7 Juin 2012.Depuis fin avril, le Nord-Kivu est en proie à une mutinerie d'ex-membres de la rébellion congolaise tutsie du Congrès national pour la défense du peuple, intégrés dans l'armée depuis le 23 mars 2009. Le M23 a pris plusieurs villes et fait quelque 220.000 déplacés et 30.000 réfugiés au Rwanda et en Ouganda.

Des soldats nigérians de l’ Ecomog à l'aéroport de Bissau, le 26 mai 2012.La Guinée-Bissau, dont l'histoire est jalonnée de putschs et de violences politiques, a été secouée par un nouveau coup d'Etat le 12 avril. La junte s'est emparée du pouvoir à deux semaines du second tour de la présidentielle et a interrompu le processus électoral en cours.

Membres présumés du mouvement islamiste Shebab proche d’al-Qaïda, arrêtés à Elasha Biyaha, le 2 Juin 2012.Depuis la chute du président Siad Barre en 1991, la Somalie, sans gouvernement effectif, est en état de guerre civile permanent.Clans, milices, seigneurs de guerre, groupes islamistes et pirates s’affrontent pour le contrôle de parties du territoire.